Управление войском претерпело также определенные изменения. Во главе войска стоял царь. Органами центрального управления были приказы: Разрядный, Стрелецкий, Казачий, Иноземный, Оружейный, Бронный, Пушечный, Рейтарский. Высшим органом вооруженных сил был разрядный приказ, возникший в 1535 году. Местное управление осуществлял воевода, который был подчинен Разрядному приказу. Ему подчинялись военачальники и войска, расположенные на управляемой им территории. Воевода занимался укреплением городов и их обороной, командовал постоянным войском и дворянским ополчением уезда, следил за обучением военному делу, собирал даточных людей, комплектовал отряды для походов, выдавал жалованья, осуществлял судебные функции.
С появлением постоянных войск потребовались и уставы. В числе первых был "Устав ратных, пушечных и других дел, касающихся до воинской науки" (около 1621 г.). В 1647 году появился устав "Учение и хитрость ратного строя пехотных людей". Основное требование устава — постоянное обучение ратному делу, как залог успеха в сражении.
Только ратное учение позволяет войску "легкими ирудами себе великую прибыль, а недругу большую поруху починить". Большое внимание уделялось дисциплине. Закон 1678 года строго карает за уклонение от службы: "...Которые с Государевой службы учнут бегать ... за то их вина, быть в жестоком наказании в торговой казни, а поместье их вотчина и всякие пожитки взяты будут и розданы беспоместным",- гласит закон.
Таким образом, крепнущая центральная власть для более успешного решения внутренних и внешних задач создает постоянное войско в виде "стрелецкого войска (сер. XVII в.), а затем — полков "нового строя" явились более высокой формой организации, им предшествующие виды вооруженных формирований.